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Text File  |  1995-07-26  |  2KB  |  42 lines
  1. *************************************
  2. * DNA polymerase family A signature *
  3. *************************************
  4.  
  5. Replicative  DNA polymerases (EC 2.7.7.7)  are the key enzymes  catalyzing the
  6. accurate  replication of DNA.   They require either a small RNA molecule or  a
  7. protein as a primer for the de novo synthesis of a DNA chain.  On the basis of
  8. sequence similarities  a number of DNA polymerases have  been grouped together
  9. [1,2,3] under the designation of DNA polymerase family A. The polymerases that
  10. belong to this family are listed below.
  11.  
  12.  - Escherichia   coli,   Bacillus   caldotenax  and  Streptococcus  pneumoniae
  13.    polymerase I (gene polA).
  14.  - Thermus aquaticus Taq polymerase.
  15.  - Bacteriophage sp01 polymerase.
  16.  - Bacteriophage sp02 polymerase.
  17.  - Bacteriophage T5 polymerase.
  18.  - Bacteriophage T7 polymerase.
  19.  - Mycobacteriophage L5 polymerase.
  20.  - Yeast mitochondrial polymerase gamma (gene MIP1).
  21.  
  22. Five regions of similarity  are  found  in  all the above polymerases.  One of
  23. these conserved regions, known as 'motif B' [1], is located in a domain which,
  24. in Escherichia coli polA,  has been shown to bind deoxynucleotide triphosphate
  25. substrates; it contains a conserved tyrosine  which  has been shown, by photo-
  26. affinity labelling, to be in the active site; a conserved lysine, also part of
  27. this motif, can be chemically labelled, using pyridoxal phosphate. We use this
  28. conserved region as a signature for this family of DNA polymerases.
  29.  
  30. -Consensus pattern: R-x(2)-[GSA]-K-x(3)-[LIVMFY]-[AGQ]-x(2)-Y-x(2)-[GS]-x(3)-
  31.                     [LIVMA]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  35.  
  36. [ 1] Delarue M., Poch O., Todro N., Moras D., Argos P.
  37.      Protein Eng. 3:461-467(1990).
  38. [ 2] Ito J., Braithwaite D.K.
  39.      Nucleic Acids Res. 19:4045-4057(1991).
  40. [ 3] Braithwaite D.K., Ito J.
  41.      Nucleic Acids Res. 21:787-802(1993).
  42.